Quartararo menajamkan standar dengan 1 menit 57,195 detik dan menggusur Acosta ke posisi dua! Namun, Bagnaia mulai panas. Ia menggusur El Diablo dengan 1 menit 57,001 detik.
Posisi terdepan akhirnya direbut oleh Bagnaia. Quartararo gagal memperbaiki catatan waktunya di kesempatan terakhir dan harus puas start dari urutan empat.

Berikut Hasil Kualifikasi MotoGP Malaysia 2025:
1 Francesco Bagnaia ITA Ducati Lenovo (GP25)
2 Alex Marquez SPA BK8 Gresini Racing (GP24)
3 Franco Morbidelli ITA Pertamina Enduro VR46 Racing Team (GP24)
4 Fabio Quartararo FRA Monster Energy Yamaha (YZR-M1)
5 Pedro Acosta SPA Red Bull KTM (RC16)
6 Fermin Aldeguer SPA BK8 Gresini Racing (GP24)
7 Joan Mir SPA Honda HRC Castrol (RC213V)
8 Fabio Di Giannantonio ITA Pertamina Enduro VR46 Racing Team (GP25)
9 Johann Zarco FRA Castrol Honda LCR (RC213V)
10 Alex Rins SPA Monster Energy Yamaha (YZR-M1)
11 Jack Miller AUS Pramac Racing Yamaha (YZR-M1)
12 Pol Espargaro SPA Red Bull KTM Tech3 (RC16)
13 Luca Marini ITA Honda HRC Castrol (RC213V)
14 Marco Bezzecchi ITA Aprilia Racing (RS-GP25)
15 Raul Fernandez SPA Trackhouse Racing MotoGP Team Aprilia (RS-GP25)
16 Miguel Oliveira POR Pramac Racing Yamaha (YZR-M1)
17 Ai Ogura JPN Trackhouse Racing MotoGP Team Aprilia (RS-GP25)
18 Brad Binder RSA Red Bull KTM (RC16)
19 Enea Bastianini ITA Red Bull KTM Tech3 (RC16)
20 Somkiat Chantra THA Idemitsu Honda LCR (RC213V)
21 Lorenzo Savadori ITA Aprilia Racing (RS-GP25)
22 Michele Pirro ITA Ducati Lenovo (GP25)
23 Augusto Fernandez SPA Yamaha Test Rider (YZR-M1)
(Wikanto Arungbudoyo)