Tak hanya itu, Sony Dwi Kuncoro juga pernah menginjakkan kaki di final Kejuaraan Dunia Junior pada tahun yang sama. Akan tetapi, ia kalah di final oleh pebulu tangkis asal China juga, Bao Chunlai.
Mimpi Sony Dwi Kuncoro masuk Pelatnas akhirnya tercapai pada 2003. Ia terus berkembang dan berlatih sebelum Olimpiade Athena 2004. Setahun kemudian, perunggu berhasil dibawanya ke Indonesia dari Athena, Yunani.
Setahun kemudian, Sony Dwi Kuncoro terus mengukir prestasi di dunia bulu tangkis dunia. Pada 2005, ia berhasil menginjakkan kaki di semifinal Indonesia Open 2005. Akan tetapi, sayangnya ia tidak berhasil meraih gelar.
Setahun berikutnya, karier Sony Dwi Kuncoro dilanda ujian yang lumayan berat. Ketika itu, berbagai cedera kerap menghampiri Sony Dwi Kuncoro, dan membuatnya harus absen di Indonesia Open 2006 yang digelar di tanah kelahirannya Kertajaya, Surabaya.
Padahal, saat itu Sony Dwi Kuncoro diharapkan bisa penerus pebulu tangkis tunggal putra lainnya, Taufik Hidayat yang kariernya mulai meredup. Pada tahun berikutnya, barulah Sony Dwi Kuncoro berhasil membuktikan ketajamannya. Tahun 2007 Sony Dwi Kuncoro berhasil merengkuh gelar Yonex Chinese Taipei Open Gold Grand Prix 2007. Saat itu, Sony Dwi Kuncoro mengalahkan Taufik Hidayat dalam tiga gim.
Satu tahun setelah itu, tepatnya pada 2008 tampaknya akan menjadi yang paling dikenang bagi Sony Dwi Kuncoro selain Olimpiade Athena 2004. Saat itu, Sony Dwi Kuncoro berhasil merengkuh berbagai gelar.