Akan tetapi, memasuki periode 2000-an hingga 2016, penampilan Indonesia di Piala Thomas mulai menurun. Mereka hanya mampu mencapai final tiga kali, yakni pada 2002, 2010, serta 2016 dan hanya meraih satu gelar pada 2002 setelah menumbangkan Negeri Jiran -julukan Malaysia.
Dari 19 kali kesempatan berlaga di final Piala Thomas, Indonesia berhasil mengamankan 13 gelar dan menjadi runner-up sebanyak enam kali. Hasil itu menjadikan mereka sebagai tim tersukses di turnamen beregu putra tersebut, diikuti oleh China yang ada di urutan dua dengan koleksi 10 gelar.

Sementara di urutan ketiga, ada Malaysia dengan koleksi lima gelar. Kemudian, ada Denmark dan Jepang yang sama-sama menorehkan satu gelar.
Namun, 19 tahun berlalu, kini Tim Garuda kembali tampil ke partai puncak pada gelaran Piala Thomas 2020 di Aarhus, Denmark. Pada laga final ke-20 mereka, Indonesia akan berhadapan dengan China pada Minggu (17/10/2021) malam WIB.
Berikut hasil Indonesia kala berlaga di 20 final Piala Thomas:
Juara: 13 kali (1958, 1961, 1964, 1970,1973, 1976, 1979, 1984, 1994, 1996, 1998, 2000, 2002)
Runner up: 6 kali (1967, 1982, 1986, 1992, 2010, 2016)
(Djanti Virantika)