Setahun berikutnya, karier Sony dilanda ujian yang lumayan berat. Ketika itu, berbagai cedera kerap menghampiri Sony, dan membuatnya harus absen di Indonesia Open 2006 yang digelar di tanah kelahirannya Kertajaya, Surabaya.
Padahal, saat itu Sony diharapkan bisa penerus pebulu tangkis tunggal putra lainnya, Taufik Hidayat yang kariernya kian meredup. Sebab, pamor Sony dianggap kurang mentereng dibanding rekannya tersebut.
Pada tahun berikutnya, barulah Sony berhasil membuktikan ketajamannya. Tahun 2007 Sony berhasil merengkuh gelar Yonex Chinese Taipei Open Gold Grand Prix 2007. Saat itu, Sony mengalahkan Taufik Hidayat dalam tiga gim.
Satu tahun setelah itu, tepatnya pada tahun 2008 nampaknya akan menjadi yang paling dikenang bagi Sony selain Olimpiade Athena 2004. Saat itu, Sonyb berhasil merengkuh berbagai gelar.
Di antara gelar tersebut ada Juara Indonesia Super Series 2008, Juara Jepang Open Super Series 2008, Juara China Masters Super Series 2008 dan masuk ke perempatfinal Olimpiade Beijing 2008. Namun, langkahnya di Olimpiade 2008 terhenti pada babak tersebut setelah dikalahkan wakil Malaysia, Lee Chong Wei dalam dua gim.
Sejak itu, karier Sony di dunia bulu tangkis terus menanjak. Berbagai torehan berhasil dicatatkannya dengan manis. Berbagai gelar berhasil diraihnya dalam kurun waktu 2009 hingga 2018.
Pada tahun 2009, Sony menikah dengan kekasihnya Gading Safitri. Dua tahun kemudian, mereka dikaruniai seorang putri yang bernama Divia Amanta Kuncoro.
Pada momen kelahiran putri pertama, Sony seharusnya berlaga di Australia Open yang berlangsung pada 5-10 April 2011. Akan tetapi, ia mengundurkan diri karena tidak mau melewatkan momen kebahagiaan bersama putri kecilnya yang baru saja lahir.