3. GP 500 cc 1996
Masih dengan NSR500 andalan Honda, Doohan berhasil mengoleksi trofi juara ketiganya pada GP 1996. Meski membuka seri pertama dan menutup seri terakhir dengan hasil kurang baik, Doohan tetap mengamankan keunggulan di klasemen. Doohan sukses mendapat 309 poin, mengalahkan Alex Criville (245 poin).